W sezonie 1996/97 trenerem drużyny znowu został Grzegorz Lato z asystentem Witoldem Karasiem. Początek sezonu był udany, po ósmej kolejce Stal zajmowała 3. miejsce, nie przegrywając żadnego spotkania. Jednak wbrew początkowych zwycięstw, z od czasu do czasu szło jeszcze gorzej. Kłopoty finansowe doprowadziły do sprzedania wielu czołowych mieleckich piłkarzy (m.in. Krzysztofa Boćka, Bogusława Cygana, Bogusława Wyparłę). Sytuacja stawała się jeszcze gorsza – 30 października piłkarze nie wyszli do meczu szesnastej kolejki z Cracovią strajkując wewnątrz ten modus przeciwko brakom wypłat. Rozwiązano umowę z Thomasem Mertelem, który nie wywiązywał się ze swoich zobowiązań finansowych. Długi w dobrym stanie godzina rosły. Drużyna grała jeszcze gorzej oraz po rundzie jesiennej zajmowała ostatnie 18. miejsce, zaś do wnętrza rundzie wiosennej większość meczów przegrywała. Kolejni gracze odchodzili (Rafał Domarski, Paweł Kloc, Ryszard Federkiewicz), i w środku zamian wprowadzono do gry wychowanków. 12 czerwca 1997 na Walnym Zgromadzeniu Członków FKS PZL–Stal zdecydowano o likwidacji klubu plus wycofaniu drużyny piłkarskiej z rozgrywek. Na kwartet kolejki poprzednio końcem sezonu Stal przestała istnieć[21].
W sezonie 1997/98 Stal nie funkcjonowała. Zgłosiła się do rozgrywek IV ligi podkarpackiej jednakowoż na wokół dwójka tygodnie poprzednio startem ligi wycofała się z rozgrywek z powodu braku drużyny seniorów (nowy klub posiadał ostatkiem sił drużyny młodzieżowe)[potrzebne źródło]. Wycofała się również z II rundy rozgrywek Pucharu Polski oddając walkowerem rozgrywka z OKS Brzesko.